除了後天性心臟病之外，當然狗也有常見的先天性心臟病。乍看之下，先天性心臟病似乎很可怕以及難以控制，但事實上，不像後天的心臟病，大多數都是退化性而且是沒辦法治癒的，某些先天性心臟病如果早期發現和治療，是可以治癒的。成功治療的狗，無論壽命和生活品質都和一般沒有疾病的狗是一樣的。
永存性動脈導管(PDA)是狗常見的先天性心臟疾病之一。正常犬隻胎兒在母體中有一條動脈導管，這條血管是連接主動脈和肺動脈，並且負責臍帶循環，因為胎兒在母體中，是不需要用肺呼吸的。等到出生時，狗狗必須要利用肺來自主呼吸了，所以這條血管就會慢慢關閉，通常在出生後3到10天。有些狗因為疾病關係所以血管沒有關閉，就形成了永存性動脈導管(PDA)，沒關閉的血管會讓血流繼續由主動脈流向肺動脈，而無法流向全身。多出來的血液循環會增加心臟的負擔最後造成心臟衰竭。
永存性動脈導管有著很特殊的心雜音，所以通常在獸醫第一次為狗狗做身體檢查時，就應該可以察覺到。在聽到心雜音後，利用心臟超聲波可以進一步評估心臟的功能以及動脈導管的位置和大小。永存性動脈導管只要及早發現治療，是可以完全治癒的心臟疾病。通常永存性動脈導管造成的心衰竭會在狗狗一歲以後發生，所以及早發現都是可以治療的。有幾種不同的治療方式可以選擇，例如傳統的開胸手術將血管結紮，會是利用微創介入性手術治療，將動脈導管用線圈或是特殊設備塞住。
最後，我們想在介紹一下肺高壓(PHT)。肺高壓顧名思義就是指肺血管的血壓超過正常。這和全身性的高血壓不同，他通常只是表示肺血管的高血壓。肺高壓的原因可以分為兩大類，第一類是因為肺動脈的血壓上升，例如心絲蟲感染，而另一類是因為慢性呼吸道的疾病造成肺部實質傷害而導致的，例如氣管下塌，氣喘，或是肺部纖維化等原因。另外退化性二尖瓣膜疾病也會造成肺高壓的產生。
中度到嚴重的肺高壓也會造成狗肺積水以及呼吸困難。就像之前說過的，心臟衰竭也會造成肺積水，而有退化性二尖瓣膜疾病的狗通常也是容易有呼吸道疾病的犬種，所以區分肺積水是因為心臟疾病還是肺高壓造成的就變得很重要，放射線和心臟超聲波可以用來幫助區分肺積水是因為呼吸道疾病還是心臟病造成的。純氧和偉哥都是用來治療肺高壓很有用的工具。
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